Hướng thoát nước chính trong khu vực nghiên cứu là hướng Bắc-Nam, vì vậy hệ thống kênh trục thoát nước chính được xác định là các kênh theo hướng này. Hệ thống này bao gồm: Trục kênh Rạch Tra-Thầy Cai – An Hạ - kênh Chợ Đệm sẽ làm nhiệm vụ tải nước từ vùng trũng thành phố về phía Nam. Tuyến kênh trục này đã có sẵn nhưng cần nạo vét, mở rộng để nâng cao hiệu quả chuyển nước. tuyến Kênh Vàm Thuật – Tham Lương - Bến Cát - Rạch Nước Lên