Trạm xử nước thải hiện hữu của nhà máy có công suất thiết kế là 7.000m3/ngày, hiện nay tiếp nhận xử lý trung bình khoảng 3.000 m3/ngày. Khi dự án mở rộng đi vào hoạt động, trạm xử lý nước thải hiện hữu của nhà máy không đủ khả năng để thu gom, xử lý toàn bộ nước thải phát sinh của dự án mở rộng. Do vậy, Công ty sẽ xây dựng bổ sung 01 Trạm XLNT mới, có công suất thiết kế 20.000 m3/ngày, để thu gom toàn bộ lượng nước thải phát sinh của dự án mở rộng để xử lý, nâng tổng công suất xử lý của 02 trạm xử lý nước thải của nhà máy lên 27.000m3/ng.đ. Nước thải sau xử lý của nhà máy đảm bảo đạt quy chuẩn thải QCVN 12:2008/BTNMT, cột A (Kq = 0,9; Kf = 0,9) đối với các chỉ tiêu pH, BOD5, COD, TSS, độ màu và QCVN 40:2011/BTNMT, cột A (Kq = 0,9; Kf = 0,9) đối với chỉ tiêu Coliform, rồi thải ra mương thoát nước mưa của KCN rồi sau đó chảy vào sông Thị Tính.