Hệ thống thoát nước mưa hiện hữu là hệ thống cống BCTC có đường kính 300mm, 600mm, 700mm được bố trí xung quanh khu vực nhà xưởng, văn phòng, sân bãi, và dọc các tuyến đường nội bộ. Toàn bộ nước mưa phát sinh tại nhà máy hiện hữu được dẫn theo hệ thống cống này và đấu nối vào hệ thống thoát nước mưa của KCN Mỹ Phước tại các hố gas thoát nước mưa trên đường D15, D16, N6. Hệ thống thoát nước mưa hiện hữu của nhà máy đảm bảo việc tiêu thoát nước mưa tại nhà máy, trong quá trình hoạt động từ năm 204, đến nay chưa gây ra tình trạng ngập úng cục bộ tại nhà máy.