Sau khi sự cố môi trường xảy ra, FHS đã tích cực phối hợp với các chuyên gia, nhà khoa học trong nước và quốc tế để rà soát quy trình vận hành, công nghệ xử lý của các Trạm xử lý nước thải nêu trên. Kết quả rà soát đã phát hiện lỗi trong quy trình vận hành và tỷ lệ hóa chất sử dụng không đáp ứng yêu cầu, đã hiệu chỉnh, hoàn thiện quy trình vận hành, liều lượng hóa chất sử dụng và bổ sung thêm hóa chất khử màu, khử Xyanua của Trạm xử lý nước thải sinh hóa; đã đưa vào vận hành hệ thống tuyển nổi và bể tách dầu của Trạm xử lý nước thải sinh hóa, vận hành hệ thống khử lưu huỳnh và các bể lọc nước thải sau xử lý của Trạm xử lý nước thải công nghiệp, đồng thời từ ngày 26 tháng 9 năm 2016, FHS đã hoàn thành việc lắp đặt bổ sung 6 thông số của hệ thống quan trắc nước thải tự động, liên tục trước khi thải ra biển (hiện nay kiểm soát 12 thông số gồm: lưu lượng, pH, độ màu, TSS, COD, tổng Nitơ, tổng Xyanua, tổng Phenol, tổng dầu mỡ khoáng, Cr(VI), Cd và Hg. Hàng ngày các số liệu được kết nối về Sở Tài nguyên môi trường Hà Tĩnh và Tổng cục Môi trường,...