Trong giai đoạn thi công xây dựng, nguồn nước thải phát sinh chủ yếu là nước thải sinh hoạt của công nhân thi công tại công trường. Nước thải sinh hoạt chứa nhiều chất hữu cơ dễ phân hủy, chứa lượng lớn các khuẩn Coli và các vi khuẩn gây bệnh khác. Do đó, khi nước thải sinh hoạt không được xử lý thấm vào đất thì đây chính là nguồn gây ô nhiễm môi trường đất, nước ngầm và nguồn nước mặt của khu vực dự án. Ngoài ra, nước thải không xử lý có thể là nguồn gây bệnh truyền nhiễm đối với người dân trong khu vực thông qua việc sử dụng nước bị ô nhiễm.